Die "Breaking Changes" sind Variationen im Vergleich mit den vorhergehenden Versionen von .NET Framework: aufgrund dieser Variationen verhalten sich einige Anwendungen und die entsprechenden Entwicklungsumgebungen auf andere Weise als bei den Versionen 1.0 und 1.1.
Dies sind nicht notwendigerweise Variationen, die die Anwendungen inkompatibel oder nicht funktionstüchtig machen: es handelt sich um unterschiedliche Verhaltensweisen, die von Microsoft während der Designanalysen und des Austestens aufgedeckt werden und die möglicherweise eine Auswirkung auf die Anwendungen haben könnten.
Zum heutigen Zeitpunkt sind etwa 30 Situationen aufgetreten, in denen eine Auswirkung auf die Anwendungen registriert wird, für Einzelheiten sehen Sie bitte nach unter

http://msdn.microsoft.com/netframework/programming/breakingchanges/runtime/aspnet.aspx

Die Variationen des run-time können in zwei Kategorien eingeteilt werden: die erste ist eine API-Variation, in der eine Funktion geändert oder weggenommen wurde. In fast allen Fällen werden diese Variationen aus Sicherheitsgründen durchgeführt.
Die zweite, häufiger auftretende Art von Variationen ist eine Änderung des Verhaltens, bei der das Verhalten einer Methode geändert ist.

Alle nicht kompatiblen Variationen, die im .NET Framework 2.0 bekannt sind, sind detailliert untersucht und analysiert worden. Diese Variationen sind aus verschiedenen Gründen durchgeführt worden, die die Konformität der Standards  (Standards Compliance), das Feedback des Kunden (customer client) und die Korrektheit (correctness) miteinschließen. Wir haben hier versucht, alle Varianten in der genannten Datei aufzuführen, aber wahrscheinlich haben die meisten dieser Variationen nur bei den wenigsten Kunden Auswirkungen.

Betätigen Sie diesen Link, um die Variationen von design-time und run-time zu überprüfen:

.NET Framework 2.0 Design-Time Breaking Changes
.NET Framework 2.0 Run-Time Breaking Changes